Na terceira fase, os 20 classificados iniciam o mata-mata, com jogos de ida e volta, junto às outras 12 equipes previamente classificadas: América Mineiro, Athletico Paranaense, Atlético Mineiro, Bahia, Botafogo, Bragantino, Corinthians, Flamengo, Fluminense, Fortaleza, Palmeiras e Remo, que conquistaram o direito pelo desempenho em diversas competições ao longo de 2021.

Encerramento da Copa do Brasil será dia 19 de outubro de 2022.

Duelos da Primeira Fase

Moto Club x Chapecoense

Icasa x Tombense

Bahia de Feira de Santana x Coritiba

Pouso Alegre x Paraná

Mirassol x Grêmio

Azuriz x Botafogo-SP

URT x Avaí

Ceilândia x Londrina

União Rondonópolis x Atlético-GO

Nova Venécia x Ferroviário-CE

Porto Velho x Juventude

Real Noroeste x Operário-PR

Ferroviária-SP x Vasco

Grêmio Anápolis x Juazeirense

Atlético-BA x CSA

Trem-AP x Paysandu

São Raimundo-RR x Ceará

Tuna Luso x Grêmio Novorizontino

ASA x Cuiabá

Lagarto x Figueirense

Altos x Sport

Costa Rica-MS x ABC

Sousa x Goiás

Nova Iguaçu x Criciúma

Globo x Internacional

Humaitá-AC x Brasiliense

Rio Branco-AC x Vila Nova-GO

Maricá-RJ x Guarani

Sergipe x Cruzeiro

Tuntum-MA x Volta Redonda

Portuguesa-RJ x CRB

Operário-MT x Sampaio Corrêa

Campinense x São Paulo

São Raimundo-AM x Manaus

Cascavel x Ponte Preta

Tocantinópolis x Náutico

Salgueiro x Santos

Fluminense-PI x Oeste

Castanhal x Vitória 

Glória-RS x Brasil de Pelotas